De schipper binnenvaart heeft een uitvoerende rol. Daarnaast stuurt hij/zij in opdracht van de kapitein binnenvaart bemanningsleden aan en begeleidt, instrueert en controleert hij/zij hen bij de uitvoering van het werk. De schipper binnenvaart voert bij afwezigheid van de kapitein binnenvaart zelfstandig het binnenvaartschip. Hij/zij geeft bemanningsleden opdracht tot nautische en operationele taken en helpt mee bij de uitvoering daarvan. Wanneer zowel een schipper als een kapitein aan boord is, dan is er een hiërarchisch verschil. De kapitein is de hoogst leidinggevende. De schipper binnenvaart werkt zelfstandig in teamverband. Hij/zij draagt de verantwoordelijkheid voor de veiligheid en het behoud van het eigen materieel, anderen en zichzelf. Tijdens alle werkzaamheden draagt hij/zij een functionele verantwoordelijkheid. Het gaat daarbij om het controleren en begeleiden van het toepassen van standaardroutines en -procedures door anderen. De schipper binnenvaart moet een verantwoordelijke afweging maken tussen de continuïteit en snelheid van het uitvoeren van de werkzaamheden met inachtneming van de algemeen geldende voorschriften waardoor de veiligheid van het schip, de lading, de opvarenden en de bescherming van het milieu zijn gegarandeerd. Onvoldoende evenwicht kan leiden tot onnodige kosten, ongelukken en milieuvervuilende situaties.