De voornaamste opdracht van de scheepswerktuigkundige waterbouw is het in bedrijf stellen en houden van alle installaties aan boord. Dit zijn de installaties voor de voortstuwing, de baggerproductie, de pompkamer en de hulpapparatuur. Hij moet zorgen dat het toegewezen materieel in operationele conditie is en zodoende bijdraagt aan een optimaal productieproces. Tijdens het baggeren/varen werkt de scheepswerktuigkundige waterbouw meestal in de machinekamer en de pompkamer. Voor controles en reparatie werkt hij aan dek.