De microbiologisch analist werkt veelal zelfstandig binnen een team, maar kan een leidinggevende raadplegen.   De microbiologisch analist is breed en allround inzetbaar.   De microbiologisch analist werkt volgens SOP’s en volgens ARBO- en milieuvoorschriften en houdt zich aan de GMT (goede microbiologische technieken) en VMT-eisen (veilige microbiële technieken).   Hij signaleert afwijkingen en het neemt van beslissingen over mogelijke volgende stappen tijdens de analyse. Hierbij zijn kennis, inzicht en beoordelingsvermogen van groot belang.